A primeira Empresa Júnior surgiu na França em 1967, como parte de um projeto do governo. O objetivo era fomentar a criação de novas empresas e combater a recessão. Desde então, este movimento vem se difundindo e pode ser considerado como um fenômeno econômico empresarial.

O processo de internacionalização ocorreu em 1986 e hoje existem Empresas Juniores espalhadas por todo o mundo: Portugal, Espanha, Itália, Inglaterra, Eslovênia, Suíça, Alemanha, entre outros. A Europa conta hoje com uma Associação Européia de Empresas Juniores (JADE) e Confederações Nacionais em todos os países.

No Brasil, a idéia foi introduzida, inicialmente em São Paulo, pela Câmara de Comércio França–Brasil em 1988. As primeiras Empresas Juniores começaram a surgir no final daquele ano, com as Empresas Juniores da FAAP (Fundação Armando Álvares Penteado) e da FGV (Fundação Getúlio Vargas).

O Movimento Empresa Júnior (MEJ) vem crescendo no país com um número de empresas superior ao existente na Europa, onde o movimento surgiu. Deste modo, para estruturar o movimento Empresa Júnior foram criadas federações estaduais que com suas empresas juniores federadas se encontram anualmente no chamado ENEJ (Encontro Nacional de Empresas Juniores) para discutir, debater, analisar e propor diretrizes para o MEJ. Em Minas Gerais ocorre também anualmente o EMEJ (Encontro Mineiro de Empresas Juniores) promovido pela Federação das Empresas Juniores de Minas Gerais – FEJEMG.